В Учреждении внедрена система контроля качества и безопасности медицинской деятельности, направленная на обеспечение прав граждан на получение медицинской помощи необходимого объема и надлежащего качества в соответствии с порядками оказания медицинской помощи, с учетом стандартов медицинской помощи и на основе клинических рекомендаций.
При проведении контроля качества в учреждении осуществляются следующие мероприятия: оценка соблюдения прав граждан в сфере здравоохранения; оценка применения порядков и стандартов оказания медицинской помощи; оценка порядков проведения экспертиз; оценка проведения медицинских осмотров; оценка исполнения должностных инструкций медицинским персоналом; оценка соответствия оказываемой медицинской помощи критериям качества оказания медицинской помощи; оценка, проводимых мероприятий по профилактике, выявлению и предотвращению рисков, создающих угрозу здоровью и жизни пациентов; оценка принятых мер по предотвращению нарушений выявленных в ходе проверок контролирующими органами; оценка сроков ожидания медицинской помощи; оценка принятых управленческих решений по повышению качества оказания медицинской помощи; оценка соблюдения ограничений, налагаемых на медицинских работников при осуществлении медицинской деятельности; оценка удовлетворенности пациентов качеством медицинской помощи и др.
По результатам независимой оценки качества условий оказания медицинских услуг, проводимой Общественным советом при Министерстве здравоохранения Российской Федерации, в 2019 году Центр попал в число лучших медицинских учреждений Российской Федерации (Протокол № 10 от 30 декабря 2019 г. заседания Общественного совета при Министерстве здравоохранения Российской Федерации по проведению независимой оценки качества условий оказания услуг медицинскими организациями).
По данным независимого портала medch.ru в 2021 году Центр вошел в тройку лучших учреждений здравоохранения России по качеству оказываемой медицинской помощи.